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Image Xpress ICELL 8 Seahorse XFe24 Analyzer

PIATTAFORMA DI TECNOLOGIE AVANZATE


Descrizione generale

La Piattaforma di Tecnologie Avanzate è equipaggiata della seguente strumentazione:

  1. ImageXpress Micro Confocal, sistema di microscopia per high content screening rapidi ed automatizzati di campioni biologici sia in campo chiaro che in fluorescenza;
  2. SMARTer ICELL8 cx Single Cell, per studi high-throughput a singola cellula.
  3. Seahorse XFe24 Analyzer, per la quantificazione di parametri bioenergetici cellulari in real-time.

  1. ImageXpress Micro Confocal

Il Sistema high content imaging screening ImageXpress Micro Confocal è un microscopio invertito a fluorescenza dedicato all’imaging ed all’analisi, ottimizzato per screening rapidi ed automatizzati di campioni biologici, con la possibilità di eseguire acquisizioni anche nel tempo, in campo chiaro e in fluorescenza, in modalità widefield o confocale spinning disk. I campioni analizzati possono essere sia vivi che fissati, sia bidimensionali che tridimensionali, quali per esempio colture cellulari, organoidi, sferoidi, protoplasti ottenuti da materiale vegetale, nonché piccoli organismi quali C. elegans, Chlamydomonas, embrioni di zebrafish e di Drosophila. Nonostante il sistema sia concepito per high content screening, la sua incredibile versatilità lo rende uno strumento al servizio di imaging di routine in studi di biologia cellulare. Il sistema è ottimizzato infatti per il time-lapse live cell imaging: il campione viene mantenuto in ambiente fisiologico, grazie ad una cameretta di imaging nella quale le condizioni ambientali sono regolabili dall’operatore (i.e., temperatura, C02 ed ossigeno). Il sistema è inoltre ottimizzato per esperimenti di time-lapse che prevedono l’aggiunta di compound, lavaggio di well o cambio di soluzioni per saggi di dinamiche veloci, grazie alla presenza di un sistema robotico di fluidica che permette la dispensazione automatica di reagenti.

Il sistema è fornito del software di acquisizione ed analisi MetaXpress® (versione 6.6), che permette acquisizioni automatiche di immagini in autofocus di vetrini, piastre multiwell o supporti customizzati, e gestisce anche l’analisi quantitativa di parametri multipli.

Maggiori informazioni: https://www.moleculardevices.com/products/cellular-imaging-systems/high-content-imaging/imagexpress-micro-confocal#Overview

Lista di pubblicazioni: https://www.moleculardevices.com/products/cellular-imaging-systems/high-content-imaging/imagexpress-micro-confocal#Citations

  1. Sistema SMARTer ICELL8 cx Single Cell

Il Sistema SMARTer ICELL8 cx Single-Cell è un sistema automatizzato di high-throughput in singola cellula. Lo strumento combina la potenza del dispensing e dell'imaging per l’isolamento e la selezione di singole cellule in chip da 5184 nanowell. Il sistema consente infatti l'elaborazione parallela e rapida di al massimo otto campioni, garantendone la vitalità cellulare durante il processo di isolamento. Il sistema è ottimizzato per diverse applicazioni NGS, ma fornisce anche la flessibilità per andare incontro ad applicazioni personalizzate in base alle esigenze degli utenti.

Le unità di dispensing del sistema ICELL8 cx utilizzano un ugello di diametro tale da garantire la massima flessibilità nell’utilizzo di cellule di varie dimensioni, nuclei isolati e cellule multinucleate. L'uso dell'imaging consente di differenziare tra pozzetti contenenti una singola cellula e pozzetti contenenti più di una cellula. In particolare, i campioni cellulari possono essere colorati con marcatori fluorescenti cellulari e visualizzati con filtri a fluorescenza per analizzare la vitalità delle singole cellule.

Il sistema è fornito di software CellSelect che permette la gestione dello strumento, dell'imaging e della selezione delle cellule. Il software analizza le immagini dei pozzetti e offre la possibilità di selezionare automaticamente o manualmente i pozzetti da utilizzare per gli step successivi, eliminando pozzetti contenenti più cellule o pozzetti vuoti, al fine di massimizzare l'efficienza sperimentale analizzando solo le cellule d’interesse. I reagenti per la preparazione delle librerie possono essere infatti dispensati selettivamente nei pozzetti contenenti le cellule singole. L’utilizzo di codici a barre specifici consente di tracciare i dati di sequenziamento con le cellule singole selezionate per l'analisi.

Di seguito alcune delle applicazioni SMARTer ICELL cx Single-Cell:

  • Analisi trascrittomica full-length;
  • Analisi trascrittomica SMART (Switching Mechanism At 5' end of RNA Template) -Seq full-length;
  • Differential expression da 3' end counting;
  • TCR (T-Cell Receptor) profiling e 5' end differential expression;
  • ATAC (assay for transposition of accessible chromatin) -Seq.

Maggiori informazioni: https://www.takarabio.com/learning-centers/automation-systems/icell8-introduction

Lista di pubblicazioni: https://www.takarabio.com/learning-centers/automation-systems/icell8-introduction/citations

  1. Seahorse XFe24 Analyzer

Il metabolismo energetico è una strada comprovata per acquisire nuove conoscenze sulle funzioni biologiche sia in condizioni fisiologiche che patologiche. Lo strumento Seahorse XFe24 Analyzer misura la respirazione mitocondriale e la glicolisi su micropiastre per fornire informazioni funzionali sullo stato metabolico delle cellule. Il sistema permette infatti la misurazione diretta di due indicatori chiave quali il consumo di ossigeno (oxygen consumption rate, OCR) e l’acidificazione extracellulare (extracellular acidification rate, ECAR) di cellule vive seminate su una piastra multiwell da 24 pozzetti. Nonostante il sistema sia concepito per linee cellulari, la sua versatilità ne estende il suo utilizzo anche ad altri sistemi modello. Il sistema è fornito del software Wave, che permette sia la creazione di protocolli di acquisizione sia l’analisi quantitativa dei dati.

Maggiori informazioni:

Lista di pubblicazioni: https://www.agilent.com/search/?N=4294836537+4294836529+4294835752


Descrizione del servizio/servizi offerti

Gli strumenti ImageXpress Micro Confocal, SMARTer ICELL8 cx Single-Cell e Seahorse XFe24 Analyzer sono ubicati all’interno del Dipartimento di Bioscienze e sono a disposizione dei membri del Dipartimento di Bioscienze, nonché a membri di altri Dipartimenti dell Ateneo ed ad utenti esterni, mediante apposito tariffario.

Gli utenti interessati all’utilizzo dello strumento ImageXpress Micro Confocal sono affiancati da personale esperto, che mette a disposizione le proprie competenze dalla progettazione dell’esperimento, all’acquisizione delle immagini fino al supporto per individuare la migliore strategia per l’analisi dei dati acquisiti.

Per l’utilizzo degli strumenti SMARTer ICELL8 cx Single-Cell e Seahorse XFe24 Analyzer, i servizi offerti dipendono dagli obiettivi del progetto: non esitate quindi a contattarci per discutere del vostro progetto.


Descrizione dell'attrezzatura presente

  1. Strumento ImageXpress Micro Confocal

Dove siamo:

  • ImageXpress Micro Confocal (Molecular Devices) al 6B stanza 6021 (ex stanze 6027-9) collegato ad un gas mixer manuale (Okolab – 3GF-Mixer-Hypoxia);
  • Cappa biologica di appoggio per gli utenti, al 6B stanza 6026.

Caratteristiche tecniche:

All’interno della cameretta di imaging, il sistema ImageXpress Micro Confocal permette il controllo della temperatura, il settaggio della CO2 e dell’O2. In particolare, il gas mixer manuale 3GF-Mixer-Hypoxia (Okolab) consente la regolazione di CO2 (intervallo consentito tra 0-15%) e di O2 (intervallo tra 2-20%).

Il sistema ImageXpress Micro Confocal dispone dei seguenti obiettivi Nikon.

Plan Apo LambdaN.A.Distanza di lavoro
4x0.2020mm
10x0.454mm
20x0.751mm
40x0.950.17-0.25mm
60x0.950.11-0.21mm

Il sistema robotico automatizzato di fluidica consiste in un pipettatore monocanale in grado di dispensare volumi da 3ul a 200ul permettendo l’aggiunta di compound/mezzo, il lavaggio dei pozzetti o la sostituzione del mezzo usando puntali monouso.

La camera in dotazione dello strumento è del tipo sCMOS caratterizzata da un ampio “field of view”, che permette per esempio di acquisire, utilizzando un obiettivo 4x, in una singola immagine un intero pozzetto di una piastra da 384-pozzetti, oppure 4 pozzetti di una piastra da 1536-pozzetti.

Il sistema è equipaggiato da una sorgente 8 canali a stato solido (Lumencore Spectra light engine).

TipologiaEccitazioneEmissione
Violetto (DAPI, Hoechst)350 – 405 nm414 – 450 nm
Blu (CFP)425 – 445 nm467 – 499 nm
FRET425 – 445 nm528.5 – 555.5 nm
Ciano (FITC, GFP)460 – 490 nm516-556 nm
Verde acqua (YFP)505 – 520 nm542 – 582 nm
Verde (Cy3, TRITC)540 – 570 nm582 – 619 nm
Giallo (Texas Red)565 – 585 nm604 – 800 nm
Rosso (Cy5)620– 645 nm672 – 712 nm
NIR (Cy7)710 – 750 nm777.5 – 809.5 nm

Contatti:

Tecnico responsabile: Dr.ssa Cristina Ruberti (ufficio al 6B, stanza 6015)

Responsabili scientifici: Dr Alessandro Fantin, Prof Marco Muzi Falconi

  1. Sistema SMARTer ICELL8 cx Single Cell

Dove siamo:

Qui di seguito gli strumenti presenti al 3B nella stanza 3021:

  • SMARTer ICell8 Single-Cell System, caratterizzato dal MultiSample NanoDispenser (MSND), Imaging Station e CellSelect Software.
  • Agilent TapeStation 4150, che permette l’analisi di acidi nucleici fino ad un massimo di 16 campioni per ogni corsa. Questo strumento è ideale per controllare la qualità di RNA e DNA in preparazione di campioni per next-generation sequencing, microarray e qPCR.
  • Invitrogen Qubit4 Fluorimeter, per la quantificazione di DNA, RNA e proteine.
  • Centrifuga Thermo Scientific SL 40R.
  • Mini centrifuga Thermo Scientific mySPIN 12 (12,500rpm / 9,800 x g).
  • Eppendorf Thermomixer comfort per tubi da 1.5ml.
  • Mini vortex mixer Gilson.
  • Agitatore vortex IKA MS3.
  • Termociclatore BioRad T100.

Contatti:

Tecnico responsabile: Dr.ssa Cristina Ruberti (ufficio al 6B, stanza 6015)

Responsabile scientifico: Prof Roberto Mantovani (7C)

  1. Seahorse XFe24 Analyzer

Dove siamo:

Qui di seguito gli strumenti presenti al 3B nella stanza 3021:

  • Seahorse XFe24 Analyzer (Agilent).
  • Incubatore a 37C.

Contatti:

Tecnico responsabile: Dr.ssa Cristina Ruberti (ufficio al 6B, stanza 6015)

Responsabile scientifico: Dr.ssa Diletta Dolfini (7C)



Per richiedere informazioni contatta : cristina.ruberti(AT)unimi.it, alessandro.fantin(AT)unimi.it, mantor(AT)unimi.it, diletta.dolfini(AT)unimi.it





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